讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
炎炎夏日来到，春日恭介（古谷徹 配音）和鲇川圆（鶴ひろみ 配音）却迎来人生中最重要的时刻。大学入学考试在即，他们为了心中理想的学校各自努力。与此同时，春日和鲇川心中的默契与日俱增，只是谁也不知道明天将会如何。另一方面，开朗天真的桧山光（原えりこ 配音）参加歌舞剧的选秀，渴望有朝一日走上纽约的中央舞台。眼见心爱的春日终日忙碌，自己却不能施以援手，这个纯洁的少女只能送上甜甜的香吻作为鼓励。这样的小举动当然会令心思缜密的鲇川发觉，她和春日由此陷入冷战，而这段三角恋情似乎也到了即将摊牌的时刻…… 本片根据まつもと泉的同名漫画原作改编。
