讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。
夜深人静之时，罪恶同花顺利用全新的技术闯入银行抢劫名贵钻石，结果一番激战被蝙蝠侠（Kevin Conroy 配音）、超人（Tim Daly 配音）、神奇女侠（Susan Eisenberg 配音）、绿灯侠（Nathan Fillion 配音）、火星猎人（Carl Lumbly 配音）、闪电侠组成的正义联盟一网打尽，而关于先进技术的来源正义联盟却始终找不到线索。与此同时，豹女、镜子大师、星蓝石等大反派遇到了神秘的旺达尔•萨维奇（Phil Morris 配音）。萨维奇已经活了八万多年，他曾多次成为名垂青史的统治者。如今他希望毁灭并统治世界，而正义联盟无疑是挡在他面前最大的阻碍。他找来这群反派组成毁灭联盟，向正义联盟发起新一轮的挑战
