300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战。海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片神秘海域，传说堆积如山的财宝光芒闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的宝藏以彩虹而闻名。自称彩虹海盗后人的海狸波波（谢元真配音）将传说编成故事说给海底居民们听，结果引来了寻找财宝不成的海马家族以及凶狠神秘的独眼鲨（谭满堂配音）。危急时刻，波波得到小潜艇阿力（范楚绒配音）的救助。他们带上小潜艇贝贝（洪海天配音）以及海马家族，踏上了寻找彩虹宝藏的旅途。
宇宙中的螺旋星系有颗美丽的星球——纳斯星球，星球上有一种神奇的果实，一直保护着整个纳斯星的生态平衡。 星球上的阿吉亚部落世世代代都守护着神之树，可是纳斯星上突然潜入了许多宇宙海盗，恰巧赛尔号上的先锋小队成员赛小息，阿铁打，卡璐璐途经此地，他们立刻加入了这场战斗…随着战况升级，四位神奇精灵：电系王者雷伊，暗影之王布莱克，武斗勇士盖亚，绝地武士卡修斯也加入了进来……
