由于一怒杀害了强拆牺牲战友房子的恶霸，屡立功勋的冷锋（吴京饰）受到军事法庭的判决。在押期间，亲密爱人龙小云壮烈牺牲。出狱后，冷锋辗转来到非洲，他辗转各地，只为寻找杀害小云的凶手。在此期间，冷锋逗留的国家发生叛乱，叛徒红巾军大开杀戒，血流成河。中国派出海军执行撤侨任务，期间冷锋得知有一位陈博士被困在五十五公里外的医院，而叛军则试图抓住这位博士。而从另一位华侨（于谦饰）口中得知，杀害小云的凶手正待在这个国家。
影片讲述了一名少女在某个巨型秘密实验室里醒来，她逃出实验室，偶然遇到努力从犯罪组织那里守护自己的家的庆熙。闯入庆熙家里的犯罪组织和少女冲突后，少女以压倒性的实力打败了他们。这期间，秘密实验室一直在追踪少女，这名神秘的少女到底是谁？
这部年代剧以复古为背景，发生在 1992 年，反映了当时社会的社会政治状况。
白赖仁（李子雄 饰）野心勃勃，一心想控制人类，差仁者领袖虎大介杀死了菊池博士，抢走了万能的“赤盒”，伹他却打不开。得知音乐家高比（黄子华 饰）能打开盒子，他遂派人将其生擒。与此同时，菊池的学生女忍者香也在追杀高比，而令一面，芭蕉先生派爱徒小灵（黄圣依 饰）则暗中保护高比。三路人马狭路相逢，展开龙争虎斗，最终小灵杀出重围。芭蕉夜入白府盗赤盒不成，反被虎大介取走性命，并连累村民惨遭屠杀，于心不忍的高比以自刎相威胁，总算中止了白赖仁的屠夫行径。高比以乐曲为钥匙打开了赤盒，白赖仁惊喜万分，以为掌握了控制人类的秘笈。但小灵、女忍者香能就此罢手吗....
