以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——
2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。 少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密
