本作讲述了池田屋事件后铁之助在新撰组的生活以及在平静生活假象之下暗暗涌动的时代浪潮。日本将迎来一次惊天动地的变革，时代将掀起巨大的浪潮，所有人包括故事的主角们将无一例外地被时代的洪流所淹没……幕末，新撰组即将颠覆，明治维新的曙光开始闪现，是去是留，是生是死，每个人都到了选择的时刻。
夜深人静之时，罪恶同花顺利用全新的技术闯入银行抢劫名贵钻石，结果一番激战被蝙蝠侠（Kevin Conroy 配音）、超人（Tim Daly 配音）、神奇女侠（Susan Eisenberg 配音）、绿灯侠（Nathan Fillion 配音）、火星猎人（Carl Lumbly 配音）、闪电侠组成的正义联盟一网打尽，而关于先进技术的来源正义联盟却始终找不到线索。与此同时，豹女、镜子大师、星蓝石等大反派遇到了神秘的旺达尔•萨维奇（Phil Morris 配音）。萨维奇已经活了八万多年，他曾多次成为名垂青史的统治者。如今他希望毁灭并统治世界，而正义联盟无疑是挡在他面前最大的阻碍。他找来这群反派组成毁灭联盟，向正义联盟发起新一轮的挑战
