在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳 饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘 饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度解决掉身边的怪人，身处昭和和平成的两代正义战士见面，但紘汰对于这个和父亲年龄相仿的传奇假面骑士充满不解。
在此期间，假面骑士decade门矢士（井上正大 饰）正积极联络这个世界上的15名平成假面骑士，他也与紘汰取得了联系。接二连三的恐怖事件显而易见出自巴丹帝国之手，而他们的目的正是毁灭全人类。积极备战的平成骑士遭遇本乡猛率领的昭和骑士战队。本乡猛却认为巴丹帝国的泛滥根源，全与平成假面骑士有关。
两代人，两代战士，双方各执一词，互不相让，最终矛盾升级，假面骑士之间的战争全面爆发。与此同时，巴丹帝国的邪恶计划仍不可遏止地进行当中。随着另两支正义队伍烈车战队特急者和兽电战队强龙者的加入，正义战士们的对决变得愈加扑朔迷离…

[捕获]Bee Fighter&Bee Fighter Kabuto和Berobo Cub Tak！共同出演3个主要英雄梦！ [解释] 最大的亮点是该计划以外的三个主要英雄梦想的共同出演！蓝色节拍和啤酒战斗机卡布托出现在cacktack的大捏中，连续的甲壳虫式机器人可以使用！另一个亮点是尚未在电视上发布的机器人军团！ Koenji博士的前竞争对手Tsudanuma博士创建了一个-robo，Berobo Allied Army将进行一场重大战斗！除了Fuumiko Fujitani饰演圣诞老人之外，“Jetman”Rika Kishida（白天鹅），Sayuri Uchida（Blue Swallow），Daisuke Tsuchiya（Blue Beat）的“Bee Fighter”和“ Bee Fighter”和Eika Nakazato的Bee Fighter战斗机Kabuto（Kabuto）。kabuto）也出任特别嘉宾！一场艰苦的战斗之所以可以做，是因为它是一个OV，并且是一个超级豪华的版本，充满了电视上永远无法看到的亮点！ 【故事】 在住宅之前，出现了一个名为机器人的机器人。据说，科恩吉博士对Borobo的坏处表示遗憾，并创造了一个新的A -Obot。但是，这是Koenji博士的假货博士Tsudanuma博士和Jujin被A -Robo抓住的阴谋。一个进入敌人基地以重新销售的卡布塔克。在战斗中，Cobrolanders也参加了A -Robo vs Berobo Big Battle！但是，Tsudanuma博士还派出了大量的-Robo，而Berobo Allied军队被一个人和一只大捏幼崽击败。当时，卷心菜出现了增援部队。它的名字是蓝色节奏和蜜蜂战斗机卡布托。最强的A -robo军团随着超级变化的cacktack和第三名攻击而爆炸！

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
　　SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时…