在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…

故事取材自《西游记》第五十七回“真假孙悟空”，讲述孙悟空中了黄眉老怪的奸计，被关押至一座神秘洞穴之中，法力全失、金箍棒也被收缴。黄眉老怪在这神秘山洞中建立了难以撼动的强大军队，囚禁着各路妖怪，在得力战将牛魔王的帮助下，设立了生死场，让小妖在此拼杀，死了的便夺走其灵力，将灵力灌入泥巴造出了六耳猕猴，试图取代真正的孙悟空，洞穴成了残酷的杀戮战场。六耳猕猴假扮花果山猴子，与孙悟空朝夕相处。孙悟空在洞穴中受尽欺压，曾一度陷入绝望，习惯单打独斗的他被迫与众妖联手自救，在一次次的失败中逐渐悟出“大圣”二字的真正含义。最终，被取走石心的孙悟空涅槃重生，与黄眉老怪决一死战，并率领大家逃离山洞。

超级病毒“金美拉”和抗生素在运送途中，被恐怖组织头目Sean Ambrose（ Dougray Scott 饰）盗走，Ethan Hunt（Tom Cruise 饰）率领他的IMF小组接受中情局的任务，找回病毒。 这次，Ethan Hunt找到了女飞贼Nyah Nordoff-Hall（Thandie Newton 饰）搭档，后者是Sean Ambrose的前女友。Ethan Hunt在获取Nyah信任的同时，二人也暗生情愫。 但是，为了完成任务，Ethan Hunt不得不安排Nyah回到Sean Ambrose身边卧底。 Nyah终于打探出病毒所在的药厂，接获情报的Ethan Hunt前往药厂准备销毁病毒；另一边，Sean Ambrose已经察觉出了Nyah回到自己身边的真正目的，组织人马在药厂等待Ethan Hunt自投罗网。 激烈的搏斗中，Nyah为了帮助Ethan Hunt完成任务，将病毒注入了自己体内，只有在20个小时之内将抗生素注入Nyah体内，才能挽救她的性命，Ethan Hunt又将面临不可能的任务。

林奇为救身患绝症的女儿，加入了富豪齐腾、医学专家岚若、地质学家胖子及雇佣兵团等组成的冒险小队，踏上了寻找“生命之果”的旅程。在这片危险密布的丛林中，险象接踵而至，队员接二连三遇难身亡，暗处似乎还潜伏着觊觎他们生命的凶残猛兽。想要逃离的队员和齐藤的关系越发紧张，与此同时，生命之花即将开放，神秘猛兽的真面目也浮出水面。

路易斯（欧文·瓦卡罗OwenVaccaro饰）的父母在一场可怕的事故中双双离他而去，无依无靠的路易斯只得收拾行囊投奔他多年未见的舅舅乔纳森（杰克·布莱克JackBlack饰）。让路易斯没有想到的是，看上去平平无奇的乔纳森，他的真实身份竟然是一位拥有强大法力的魔法师。

魏佳欢生日这天，父亲魏成功陪她登上环海游艇，然而一场突如其来的海难打破了一切，整艘游艇侧翻，众人纷纷落水。魏成功自哭喊声中醒来，发现自己身处一荒岛，目睹魏佳欢被一巨蛇叼走，于是随众人深入丛林，踏上营救之路。在这片与世隔绝的丛林里，无数怪异的史前生物暗藏其中，营救女儿的遥遥之途布满杀机。另一边，魏佳欢等人在蛇穴中醒来，在失去规则的封闭环境中，幸存者的人性也承受着巨大考验…