超狗小氪和超人是形影不离的好朋友。他们共享超能力，在大都会并肩作战打击犯罪。但是当超人和正义联盟的其他成员被绑架时，小氪必须要说服一群收容所里的小动物们，包括猎犬王牌、小胖猪PB、乌龟默顿、松鼠奇奇组成萌宠特遣队，帮助他们掌握刚获得的超能力，一起拯救超级英雄。

故事发生在古代的南美洲一个帝国。这个帝国年轻的国王Kuzco虚荣心极重，为了大肆庆祝自己十八岁的生日，他决定在帝国首都附近的一座山上建立一座宫殿。山上世代在此生活的居民一时陷入了困境，村民Pacha来到皇宫请求Kuzco考虑下当地居民的处境，收回成命，但遭到Kuzco一口回绝。
　　于此同时，邪恶女祭司Yzma准备投毒杀害Kuzco夺取王位，但她的跟班Kronk搞错了毒药，误将变身药给了Kuzco吃。于是，Kuzco变成了一头骡马，并阴差阳的错上了Pacha的车去了山上的村庄。Yzma得知后，对Kuzco展开了一系列追杀，而Kuzco也在Pacha等人的帮助下展开了反击！

小禽龙阿拉达生活在白垩纪晚期，他自小就生活在一个桃花园般的小岛上。由一群狐猴抚养长大大的阿拉达从来就没有见过自己的同类，与他的狐猴朋友一直无忧无虑的生活在一起。一场不期而至的流星雨将阿拉达所在的小岛击毁了，阿拉达和他的狐猴朋友一起逃难来到了大陆。这时，因为大气变热，水源供给越来越紧张，阿拉达他们遇上了一群正在迁徙寻找新的栖身之地的恐龙并加入了他们。于是，阿拉达和同伴们一起开始了这次异常艰难的迁徙之旅。

小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。
　　为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。

电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。
　　少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河......
　　鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。
　　因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。
　　在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......